Скульптура Яна Непомуцкого на фоне Пражского града, Прага

Чешский король Вацлав IV (1378—1419) постоянно конфликтовал с высшим духовенством страны, отстаивал приоритет светской власти и вмешивался во внутрицерковные дела, полагая пражское архиепископство одним из главных своих оппонентов во внутренней политике.

В 1393 г. по его приказу были схвачены и брошены в тюрьму Ян Непомуцкий и два других священника. Вскоре товарищи Яна были отпущены, а Ян после мучительных пыток был казнён — его бросили в мешке во Влтаву. Конкретная причина, по которой гнев короля обрушился именно на Яна Непомуцкого, точно не известна. В 1433 г. хронисты выдвинули предположение, весьма вероятное, но точно не доказанное, что Ян отказался раскрыть королю тайну исповеди королевы, духовником которой он был.
Тело св. Яна было извлечено из Влтавы и впоследствии захоронено в кафедральном соборе святого Вита в Праге.

Почитание Яна чешскими католиками как святого и мученика началось ещё в XV веке. К лику святых он был причислен в 1729 г. Ян Непомуцкий считается небесным покровителем исповедников, а также покровителем Праги и всей Чехии. Память в Католической церкви — 16 мая.
Самая знаменитая статуя святого была создана в 1683 г. (ещё до официальной канонизации) Я. Брокофом для Карлова моста в Праге. Сейчас подлинник перенесён в Национальный музей в Праге (как и большинство скульптур Карлова моста), а на мосту установлена точная копия.